Karena dendam, Crowler mencoba menendang Jaden sekolah di berbagai kesempatan sebelum akhirnya mulai menghormatinya. Jaden membuat beberapa musuh di Akademi, termasuk, yang Jaden kekalahan dalam duel ujiannya. Jaden menerima skor yang rendah pada ujian tertulis komponen, dan karena itu ditempatkan di Slifer Merah, asrama peringkat terendah, di samping karakter dan, yang menjadi teman-teman barunya. The anime dimulai dengan Jaden, berniat untuk menghadiri Duel Academy, menabrak protagonis dari, yang, dalam perjalanan ke pintu masuk ujian sekolah, terlambat dan terburu-buru.
